Estaba intentando generar un documento que al pulsar un enlace ajax enviara la información del formulario a una método java y crear un documento con esos datos y luego que se descargara, pues tuve el problema de que no salia la ventana de abrir o descarga el documento, sino lo embebía en la misma pagina de la aplicación.
Resulta que investigando un poco y preguntado a un compañero que ajax no se puede descargar documentos, así que en vez de hacerlo con un a4j:commandLink y si utilizaba un s:link pues no me enviaba la información del formulario , así que me aconsejaron que utilizara un h:commanLink, que sí envía la información del formulario y permite la descarga de documentos.