Para ello nos vamos a la carpeta del disco duro donde tenemos instalado y lo copiamos N veces como queramos tener.
En el Ecplise, en el menú Windows/Preference/Server/Installed Runtime le damos a añadir elegimos la version del tomcat que tenemos, le ponemos la ruta del tomcat que hemos copiado.
Ahora en el proyecto en site/docs/server creamos una nueva carpeta para la configuración del tomcat copiamos un serverl.xml de otra carpeta y lo metemos en la nueva.
Al proyecto le damos Run As... elegimos Manually define... en la pestaña server Runtime elegimos el tomcat nuevo que hemos creado , el siguiente paso es elegir la aplicación para ese tomcat y terminamos.
Luego picamos sobre el nuevo server, le damos la ruta de la nueva carpeta serve de la aplicación y para que no haya conflictos entre distintos server le cambiamos los puertos.
Por ejemplo yo he teniado que hacer esto porque tenia dos aplicaciones que se tenia que comunicar y tenia que tener las dos arrancadas.
